Po obronie dyplomu z chemii rozpoczął studia w seminarium w Villa Devoto koło Buenos Aires. 11 marca 1958 roku wstąpił do zakonu jezuitów i kontynuował naukę w zakonnych domach studiów; w nowicjacie w Chile zgłębiał nauki humanistyczne, w Colegio Maximo San José w San Miguel koło Buenos Aires obronił licencjat z filozofii, w Colegio de la Immaculada w Santa Fe studiował literaturę i psychologię, a w Colegio del Salvador w Buenos Aires teologię. Przyjął święcenia kapłańskie 13 grudnia 1969 roku, a ostatnią profesję złożył 22 kwietnia 1973 roku. Był mistrzem nowicjatu w Villa Barilari, profesorem Wydziału Teologii i rektorem Colegio Maximo San Jose w San Miguel, członkiem konsulty prowincji zakonnej San Miguel, prowincjałem Argentyny (1973–1979). Po pobycie w Niemczech pełnił funkcję dyrektora duchownego Colegio del Salvador w Cordobie i ponownie rektora Colegio Maximo San José w San Miguel.

Podczas trwania w Argentynie junty wojskowej generała Videli Redondo i podczas tzw. brudnej wojny 1976–1983 (hiszp. Guerra sucia) Bergoglio donosił wojskowym na lewicujących księży i zakonników, z których niektórzy potem znikali. Dokumenty potwierdzające jego współpracę opublikował Horacio Verbitsky w książkę El Silencio (Cisza), która jest syntezą współpracy hierarchów kościoła argentyńskiego z dyktaturą.

20 maja 1992 roku został mianowany biskupem pomocniczym Buenos Aires, sakry biskupiej udzielił mu 27 czerwca 1992 arcybiskup Buenos Aires kardynał Antonio Quarracino; w czerwcu 1997 roku promowany na arcybiskupa-koadiutora tej archidiecezji, objął rządy 28 lutego roku następnego, po śmierci kardynała Quarracino. W listopadzie 1998 został jednocześnie ordynariuszem dla wiernych rytów orientalnych, mieszkających w Argentynie (bez własnego ordynariusza). Pełnił funkcje Wielkiego Kanclerza Katolickiego Uniwersytetu Argentyny oraz wiceprzewodniczącego Konferencji Episkopatu Argentyny.

Brał udział w sesjach Światowego Synodu Biskupów w Watykanie, w tym w sesji specjalnej poświęconej Kościołowi w Ameryce w listopadzie i grudniu 1997 roku. W lutym 2001 roku Jan Paweł II wyniósł go do godności kardynalskiej, nadając tytuł prezbitera S. Roberto Bellarmino. Kardynał Bergoglio był wymieniany w gronie tzw. papabile, potencjalnych faworytów do następstwa po zmarłym w kwietniu 2005 roku Janie Pawle II.

W latach 2005-2011 (dwie kadencje po trzy lata) był przewodniczącym Konferencji Episkopatu Argentyny (Conferencia Episcopal Argentina).

13 marca 2013 roku podczas drugiego dnia konklawe, w piątym głosowaniu został wybrany na nowego papieża.